中央空调的水系统可以分为冷却水、冷冻水两个系统。前者仅存在于水冷式系统，也即配备了冷却塔、冷却泵 等等，后者是所有系统都有的。冷却水系统由于绝大多数是开式循环系统，所以容易积存外界环境影响产生的污垢、 杂质、菌落等等问题，如果不再加控制，势必会影响中央空调的使用。在夏季供冷期冷却循环为敞开式系统，同时空气尘埃中有机物、微生物等会带入水中，冷却水的温度很适合菌藻的生长，不断生长的藻类会形成生 物粘泥，在管道中生成异氧菌、铁细菌、硝化细菌、硫酸盐还原菌等细菌的大量繁殖，造成管道内壁的腐蚀，产生铁锈皮的脱落，影响冷凝器的换热；循环冷却水中 还会生长军团菌等病菌对人的身体造成伤害。
循环水的中的钙、 镁离子会随着冷凝器换热时水温的升高生成水垢，附着在冷凝器铜管的内壁，形成致密水垢（主要是碳酸钙垢）。水垢和污垢往往结合在一起，结垢和粘泥能引起或 加重腐蚀，严重影响换热。因此冷却循环水处理的主要任务就是消除或减少结垢、腐蚀及生物粘泥的危害，以保证整个循环水系统的效率和使用年限。由于空调冷却 水系统的结垢、腐蚀和藻类滋生不是在短期内形成的，也不会在短期内对系统有破坏性的影响，往往得不到运行管理人员足够的重视。但是“结垢、腐蚀、菌藻”是 循环冷却水系统不可忽视的问题。
冷却循环水系统日常运行可加入上海洁汇水处理科技有限公司广州分公司生产的缓蚀阻垢剂，防止腐蚀和结垢，要按补水量每天投加，投加方式可以采用全自动加药设备投加，也可以人工投加，每周定期对水质进行化验，以便对加药量和全自动加药的技术参数进行调整。杀菌灭藻剂，杀灭或抑制细菌、及藻类的生成，每周定期定量加入到冷却循环水系统中。
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